科学家们使用不同的方法在基因治疗中转移基因。其中最为重要的要数利用病毒转移基因。这是一个较为可行的方法，但基因转移到其他细胞体内是进化过程中持续不断改善的结果。那么，哪些病毒能在基因治疗中转移基因呢？

因此科学家们尝试着把病毒作为基因疗法中转移基因的工具：他们把所需的基因植入病毒体内，希望它们致力于常规任务并且把治疗所关注的遗传物质留在接受注射的细胞中。

例如，研究者把“反转录病毒”作为基因的运载工具。这种病毒在宿主细胞中长期合成它的遗传物质，这是一种自然特性，因而在理论上，反转录病毒是治疗中所需基因的理想“渡船”。

在实践中，基因疗法中转移基因还有一些问题要处理。例如，这种病毒对特定的细胞没有偏好，而是多少有点不加选择地在不同类型的细胞中安营扎寨。这对于有目的的基因疗法是一个很大的障碍。呼吸道疾病的病原体腺病毒同样是常用的基因转移工具。它们能够正确地转移基因，但是其缺点是会损害细胞，同时导致免疫系统的强烈反应。使用类腺病毒就没有这个问题，因此有些科学家把它用作基因的转移工具。不过它们太小了，以至于只能转移很小的“基因货物”。