第二代测序技术(NGS)因其快速和灵敏的检测特点已成为植物病毒学研究的强有力工具，这一技术具有非序列依赖性的优势, 能同时检测植物样品中可培养和不可培养的、含量高及含量低的所有的 DNA 病毒、RNA 病毒以及类病毒, 它的出现极大地变革和推进了病毒的发现历程，近期来自浙江大学生物技术研究所等处的研究人员围绕 NGS及其在植物病毒发掘中的应用研究和前景进行概述和展望。

植物病毒俗称植物上的癌症, 其流行和爆发严重威胁粮食生产和人类食品安全. 据不完全统计, 全世界每年因植物病毒病造成的农业损失占粮食作物总产量的 10%. 对植物病毒病进行快速准确地诊断对于病毒病的防控十分重要和紧迫. 病毒诊断一般要求达到检测并鉴定病毒到种的水平. 检测植物病毒的传统方法包括血清学检测、电子显微镜观察、指示植物接种、 通过 PCR 或 RT-PCR 进行的 DNA 扩增、芯片杂交等. 上述方法使用的一个重要前提是对病原物的基因组特性、 血清学特性、 生物学特性、理化特性等有预先的了解, 而在对未知病原物了解缺乏的情况下, 这些检测方法就显得耗时长、效率低下、容易出现检测误差等问题, 因此极大地限制了其在实际工作中的推广和应用。

近年来，第二代测序技术(next gene -ration sequencing, NGS)发展迅猛，与 Sanger 测序技术相比, NGS 是一种能一次对几十万到几百万的DNA 分子进行序列测定的高通量的测序技术, 这种高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌地分析成为可能, 因此又被称为深度测序(deep sequencing). 相比传统的个体基因组测序, NGS 使得测序价格日益廉价, 并且在生物信息学软件的辅助下, 可以将大量不同基因片段的信息连接起来进行基因组组装, 完成生物的基因组测序，这种新的测序技术革新了植物病毒的诊断方法, 对于病毒的流行病学和生态学研究起到了非常重要的推动作用。