病毒感染是癌症发生的主要危险因素，病毒参与癌变过程，并与癌症的许多特征有关。如果能够发现人类癌症中病毒的关联布局，将为减少癌症的全球影响提供了可行的机会。近日，发表在《自然—遗传学》期刊上的一项研究中，来自德国癌症研究中心的科学家们，在探索人类癌症中病毒的分布研究中取得最新进展。

据了解，作为“全基因组全癌分析”（PCAWG）联盟的一部分，该中心收集了由国际癌症基因组联盟ICGC和癌症基因组图谱（TCGA）项目产生的38种肿瘤中2658种癌症的全基因组和一部分转录全基因组测序数据。这些测序数据通过标准化、高精度的管道重新分析，以与人类基因组（构建hs37d5）对齐，并识别生殖系变异和体细胞获得的变异。

研究人员应用了三个独立开发的病原体检测管道“计算病原体序列识别”、“病原体发现管道”和“寻找病原体”来系统地研究潜在的病毒病原体，并在382个基因组和68个转录组数据集中都检测到了病毒存在。

研究发现，已知的与肿瘤相关的病毒（如爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV），乙型肝炎病毒（HBV）和人乳头瘤病毒（HPV；例如HPV16或HPV18））的检出率都很高。

这项研究揭示了头颈癌中HPV和驱动基因突变的显着排他性以及HPV与APOBEC突变特征的相关性，这表明抗病毒防御能力下降是宫颈癌，膀胱癌和头颈癌的的诱因。对于HBV，HPV16，HPV18和腺相关病毒（AAV2），病毒整合与基因组拷贝数的局部变异有关。在TERT启动子处的整合与端粒酶的高表达有关，从而明显激活了该肿瘤驱动过程。高水平的内源性逆转录病毒（ERV1）表达与肾癌患者的较差的生存结果有关。

参考文献：Marc Zapatka, Ivan Borozan, Daniel S. Brewer, Murat Iskar, Adam Grundhoff, Malik Alawi, Nikita Desai, Holger Sltmann, Holger Moch, Colin S. Cooper, Roland Eils, Vincent Ferretti, Peter Lichter.The landscape of viral associations in human cancers.Nature Genetics.DOI: 10.1038/s41588-019-0558-9